Sekolah Menengah ini telah dibina di atas tanah seluas 19.6 ekar. Pada peringkat awal, sekolah ini terdiri daripada satu blok bangunan tiga tingkat, satu blok Bengkel Seni Perusahaan dan satu blok kantin. Blok bangunan tiga tingkat itu menempatkan bilik-bilik darjah, bilik guru, makmal sains, bengkel Sains Rumah Tangga, Perpustakaan dan tandas. sejarah awal sekolah ini bermula pada 30 Januari 1983 dengan 10 orang guru dan 115 orang murid meliputi tingkatan 3. Pada tahun 1985 murid-murid tadi menduduki Peperiksaan Sijil Rendah Pelajaran buat kali pertamanya. Pada tahun ini juga sebuah koperasi telah ditubuhkan untuk menyediakan kemudahan dan alatan pembelajaran kepada pelajar-pelajar.
Pada tahun 1991, sebuah blok bangunan tambahan telah siap dibina. Bangunan ini menempatkan bilik-bilik darjah, koperasi dan bilik menyimpan buku-buku teks SPBT. Pada tahun yang sama juga, sebuah surau telah dibina dengan menelan belanja RM30,000.00. Surau ini adalah bagi kegunaan murid-murid, guru-guru dan kakitangan sekolah untuk belajar dan menunaikan fardhu solat. Seterusnya, sekolah ini berkembang lagi dengan wujudnya dua kelas Tingkatan 4 Sastera pada sesi persekolahan 1992. Ini bermakna sekolah ini telah bertukar status menjadi sebuah sekolah Menengah Atas. Pada tahun 1993, anak sulung keluaran Tingkatan 5 Sastera menduduki peperiksaan Sijil Pelajaran Malaysia (SPM) buat kali pertama.
Sekolah ini telah ditukar nama dari Sekolah Menengah Simpang Empat kepada Sekolah Menengah Kebangsaan Naning pada 13 September 1995. Pada tahun 1998, Visi dan Misi sekolah ini telah dilancar dengan mottonya "CEMERLANG GEMILANG". Menjelang tahun 2000, sebuah lagi bangunan baru Makmal Sains Tulen telah mula digunakan. Pada tahun 2001 pula, sebuah bangunan Makmal Komputer telah dibina. Manakala pada tahun 2003, bangunan Pendidikan Khas telah dibina. Seterusnya, pada tahun 2008, PIBG mendapat peruntukkan RM400,000.00 untuk membina dewan sekolah.
Sepanjang tahun 2009 pula, sekolah ini telah mendapat peruntukkan daripada Kementerian sebanyak RM128,330.00 bagi kerja-kerja menaik taraf, menyelenggara, mengganti, mengubah-suai dan menambah kemudahan fizikal. PIBG sekolah ini turut berusaha lagi memperoleh sebahagian daripada peruntukkan tersebut. Disamping itu, PIBG turut memberi sumbangan untuk kemudahan penyaman udara di bilik guru, di bilik Q, membeli kerusi plastik untuk dewan dan membina pondok bacaan. Sumbangan tersebut merupakan dana yang telah dapat dikutip semasa Program Sepagi Bersama Pemimpin yang telah di adakan pada 20 Jun 2009. Pada Februari 2015, pembinaan garaj kereta guru yang baru sebanyak 20 tapak yang bernilai RM18,000.00 telah di bina.
Semoga sekolah ini terus membangun dan cemerlang dalam aspek kurikulum dan kokurikulum bagi melahirkan modal insan kelas pertama.
